合肥工业大学的硕士专业包括但不限于以下这些：
学术学位
仪器科学与技术
机械制造及其自动化
机械电子工程
机械设计及理论
材料物理与化学
电气工程
控制科学与工程
信息与通信工程
计算机科学与技术
专业学位
仪器仪表工程
光电信息工程
机械工程
动力工程
材料与化工
电子信息
控制工程
能源动力
工程管理
工商管理
金融
会计学
法律硕士（非法学）
软件工程
其他专业
药学
英语语言文学
外国语言学及应用语言学
新闻与传播
英语笔译
艺术学
集成电路与系统
车辆工程
化学工程
生物技术与工程
制药工程
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