上海学生选择来日本留学的理由主要包括以下几点：

气候和文化相近 ：上海和日本气候接近，且上海和大阪是友好城市，有着长期的文化和经济交流。这种文化上的相近性使得留学生能够更快地适应日本的生活。

教育质量和学术声誉 ：日本拥有多所世界知名的高等学府，教学质量世界一流。自2001年起，日本每年都有诺贝尔奖得主，显示了其在教育领域的卓越成就。

费用相对较低 ：日本的留学费用相对较低，性价比高。国公立学校的学费大约为3.5万元人民币/年，私立学校稍高，但也在6-9万元人民币/年之间。此外，日本的生活成本也较低，且奖学金种类繁多，可以减轻学费负担。

地理位置优势 ：中日两国地理位置相近，交通不便，从上海浦东出发到日本仅需1小时40分钟左右。这种便利性使得留学生在往返于两国之间时更加方便。

生活质量和环境 ：日本的生活节奏相对较慢，社会福利体系完善，教育资源优质，医疗水平世界一流。日本人普遍讲究秩序和礼貌，社会氛围让人安心。

就业前景广阔 ：日本经济发达，拥有众多国际企业和尖端科技，为留学生提供了丰富的就业机会。此外，日本企业对中国留学生持欢迎态度，录用率较高。

政策便利 ：日本政府推行了促进留学生入学的各种优惠教育制度，如放宽签证条件、提供奖学金等，使得留学生入读日本大学更加容易。

个人发展 ：留学生通过在日本的学习和生活，能够提升自己的语言能力、跨文化交流能力，并结交国际友人，为未来的职业发展打下坚实的基础。

综上所述，上海学生选择来日本留学，主要是因为两国在气候、文化、教育、费用、地理位置、生活质量、就业前景和政策等方面具有显著的优势。这些因素共同作用，使得日本成为上海学生留学的重要目的地。