在日本留学的学生可以通过以下步骤接种疫苗：

接收接种券：留学生会收到所在自治体发放的疫苗接种券。接种券上会列出可接种的诊所或接种中心信息。

预约接种：收到接种券后，可以通过电话或线上平台（如Line）进行预约。东京和大阪的大型接种中心都支持这两种预约方式。电话预约的受理时间为上午7点到晚上9点，包括周末和节假日。

准备材料：接种当天需要携带以下材料：在留卡、接种券、予诊票（健康问卷）。建议穿着便于露出胳膊的衣服。

接种流程：到达接种中心后，首先会进行体温测量和消毒，然后确认接种券和身份信息。接着填写予诊票，医生会根据填写内容确认是否可以接种。接种后需要在现场观察15-30分钟，确认没有异常反应后方可离开。

接种后的反应：常见的副作用包括轻微发烧、头痛、接种部位酸痛等，通常会在1-2天内消失。如果出现严重不适，应及时就医。

第二剂接种：接种第一剂后，医生会告知第二剂的接种时间，并发放第一剂接种完成证明。第二剂的预约流程与第一剂类似。

其他途径：如果通过自治体预约困难，可以考虑通过自卫队大规模接种中心或所在公司（如果符合条件）进行接种。

需要注意的是，日本的疫苗接种是免费的，但由于疫苗供应量有限，建议尽早预约。此外，部分大学也提供校内接种服务，留学生可以关注学校的相关通知。

希望这些信息能帮助在日留学生顺利完成疫苗接种。如果有更多问题，建议咨询当地的卫生所或保健所。