要查询日本留学毕业证，你可以通过以下几种方式进行：

在线查询

日本大学通常设有在线学籍查询系统，你可以登录该系统查询学籍信息，包括成绩、课程记录和选修记录等。使用这个系统需要输入学校给定的账户名和密码。

传统方式查询

书面查询：向学校的所在部门书面申请查询学籍，需要填写姓名、出生日期、学号等信息。

现场查询：携带个人身份证件和学生证明到学校的教务处、学工处等相关部门进行现场查询。

联系留学机构

如果你是通过留学机构出国留学，毕业证或相关证明文件可能由该机构代为处理。联系留学机构询问相关信息是一种有效的方法。

向当地使领馆查询

如果你已经回到中国且未收到毕业证书，可以通过所在国家的中国使领馆查询。

教育部留学服务中心

你可以通过教育部留学服务中心的网上服务大厅进行学历、学位认证。注册并登录后，选择“在线申请”并填写认证申请表，支付认证费。

国家留学基金委员会

该委员会专门负责留学生的奖学金管理工作，也可以进行留学人员学历、学位认证。

各省市教育厅及其委派的学信网办事处

很多省市都设有学信网站点，一般可以进行学历成绩认证。

第三方机构

如上海教育服务中心留学服务部、北京市教育考试院留学人员学历学位认证咨询中心、广东省留学人员回国服务中心等。

建议你在查询前先确认自己的毕业证是否已经进行了认证，并且了解相关机构的查询流程和要求，以便更顺利地获取所需信息。