南京的考研难度较大，以下是一些考研难度较大的大学：

南京大学 ：南京大学作为国内顶尖的985高校，考研难度极大，竞争非常激烈，录取分数线也较高。其王牌专业如中国现当代文学、社会学、理论经济学、法学、历史学、物理学、天文学、数学、地质学、生物学等人文社科类专业和理学专业难度较大。

东南大学 ：东南大学也是一所非常厉害的985高校，稍微偏工科一点，传统工科类专业如土木工程、建筑学等非常厉害，学科实力都是A+。此外，艺术学理论等专业难度也较大。

南京理工大学 ：南京理工大学在工科方面较为突出，考研难度也相对较大。尤其是兵器科学与技术专业。

南京航空航天大学 ：南京航空航天大学在航空航天领域具有很高的声誉，考研难度也较大。

河海大学 ：河海大学是以水利为特色，工科为主，多学科协调发展的教育部直属全国重点大学。其水利工程、环境科学与工程、土木工程、海洋科学等学科在国内处于领先地位。

南京师范大学 ：南京师范大学是国家首批“211工程”重点建设高校，教学水平和师资条件都非常优越。由于报考人数众多，竞争非常激烈，录取率低。

南京医科大学 ：南京医科大学在医学领域有较高的声誉，考研难度也较大。

南京工业大学 ：南京工业大学在工科领域有一定的实力，考研难度适中。

这些学校由于具有较高的教学水平和研究实力，吸引了大量考生报考，竞争非常激烈，录取分数线也较高。具体到专业，这些学校的王牌专业考研难度较大，建议考生根据自己的兴趣和职业规划选择合适的专业和学校。