选择软件和自动化考研各有其优缺点，具体选择哪个更好需要根据个人的兴趣、职业规划以及行业前景等因素进行综合考虑。以下是它们的一些比较：

就业前景 ：

自动化 ：自动化专业的就业面较广，可以从事不同行业如自动化系统集成、嵌入式系统、互联网等。自动化技术是一个永久性的工作领域，适合长期发展。然而，自动化专业的学习过程可能较为压力较大，且核心竞争力相对不足，毕业后可能需要不断学习和补课。

软件工程 ：软件工程专业的就业前景也很好，尤其在当前产业结构升级的大背景下，互联网技术与传统行业的结合越来越紧密。软件工程注重逻辑思维能力和数学要求，适合喜欢编程和系统分析的人。软件行业的需求大，工作待遇较好，但相对来说，属于“青春饭”，年龄较大的从业人员可能面临转岗或职业瓶颈。

学科融合 ：

自动化 ：自动化与计算机科学、电子工程等领域有紧密的联系，尤其在智能装备、工业自动化等方面。自动化技术的未来发展将更多地借助计算机技术实现更高的自动化程度和网络化、智能化。

软件工程 ：软件工程是计算机科学的一个分支，强调科班的程序设计和系统分析能力。软件工程的学习和应用需要较强的逻辑思维能力和数学基础，同时也需要不断更新知识以适应快速变化的技术环境。

学习压力与兴趣 ：

自动化 ：自动化专业的学习压力较大，课程内容较为广泛，需要较强的动手实践能力。如果对物理和工程方法有浓厚兴趣，自动化专业可能更适合。

软件工程 ：软件工程的学习压力相对较小，侧重于编程和算法，适合喜欢逻辑思维和计算机技术的人。如果对编程和系统分析有浓厚兴趣，软件工程可能更适合。

职业发展 ：

自动化 ：自动化专业的毕业生可以在多个领域找到工作，但需要不断学习和适应新技术。自动化技术的未来发展前景广阔，尤其是在产业互联网和智能制造等领域。

软件工程 ：软件工程专业的毕业生在技术更新换代较快的行业中具有优势，但需要不断学习新技能以保持竞争力。软件行业的需求大，但竞争也较为激烈。

建议 ：

个人兴趣 ：首先考虑自己的兴趣和职业目标，喜欢编程和系统分析的人可能更适合软件工程，而对物理和工程方法有浓厚兴趣的人可能更适合自动化。

职业规划 ：考虑未来的职业发展前景，自动化专业适合长期发展，软件工程适合在技术更新换代较快的行业中发展。

行业需求 ：了解当前和未来的行业需求，自动化和软件工程在不同领域都有很好的应用前景，选择哪个更好还需要结合具体行业的情况。

综合考虑以上因素，如果你对编程和系统分析有浓厚兴趣，且希望在未来有稳定的职业发展，软件工程可能是一个更好的选择。如果你对物理和工程方法有浓厚兴趣，且希望在未来能够在多个领域找到工作，自动化可能更适合你。最终的选择还需要结合个人的实际情况和职业规划。