选择日本考研的城市时，可以考虑以下几个因素：

教育资源 ：

东京 ：作为日本的首都和最大的城市，东京拥有众多顶尖大学和研究机构，如东京大学、早稻田大学等。这里学术资源丰富，国际化程度高，适合追求优质教育资源的学生。

京都 ：京都是历史文化名城，有京都大学这样的世界知名学府。如果你对历史文化和传统艺术感兴趣，并且希望在一个相对安静的地方学习，那么京都是一个不错的选择。

大阪 ：大阪以其开放友好的氛围著称，关西学院大学、大阪大学均位于此地。这座城市经济活跃，商业管理类专业的学生可能会特别喜欢这里的环境。

生活成本 ：

东京 ：生活成本较高，但相应的就业机会和兼职时薪也较高。

大阪 ：物价相对东京较低，生活成本较为合理，同时也有不错的就业机会。

京都 ：虽然物价和学费相对东京较低，但作为大城市，生活便利性和学术氛围仍然很好。

就业机会 ：

东京 ：作为日本的政治、经济、文化中心，东京聚集了大多数日本最主要的公司，为学生提供了大量的就业机会和可观的薪资。

大阪 ：大阪的经济活跃，商业管理类专业的学生可能会特别喜欢这里的环境，同时也有不错的就业机会。

个人兴趣 ：

如果你对历史文化、传统艺术感兴趣，并且希望在一个相对安静的地方学习，京都可能更适合你。

如果你喜欢快节奏现代化的生活氛围，经济条件不错的情况下，东京是首选之地。

如果你希望在经济上更加节省，同时也能获得优质的教育资源，大阪是一个不错的选择。

综合考虑以上因素，以下是一些建议：

东京 ：适合追求优质教育资源、国际化程度高、希望在大城市生活的学生。

京都 ：适合对历史文化、传统艺术感兴趣、希望在一个相对安静的地方学习的学生。

大阪 ：适合希望在经济上更加节省、同时也能获得优质教育资源的学生，尤其是商业管理类专业的学生。

最终选择哪个城市，还需要根据个人的具体情况和需求来决定。