南京自考申请毕业的步骤如下：

网上申请

登录江苏省教育考试院网站“招考业务”栏目“自学考试”页面进行新生注册和信息填报。

填写基本信息并上传身份证人像面照片、证件照及手持本人身份证人像面照进行身份验证。

身份验证通过后，选择报考课程并提交，然后进行缴费。

提交申请材料

填写《毕业生预审表》，并提交至自考毕业审核小组。

申请专科毕业的考生需提交单科合格证及毕业生预审表，如有免考需出示《转､免考审批表》。

申请本科毕业的考生需提交专科毕业证原件、省教育厅审批通过的学历证明原件及其复印件，以及毕业生预审表一份。

现场确认

按照规定时间到报名点办理毕业登记手续，携带身份证、准考证、实践考核（论文答辩）成绩通知单、免考证明、本科资格审批表等相关材料以及二寸标准照片。

提交申请材料并等待初审结果，初审通过后会收到通知。

缴费

《毕业生预审表》审批通过后，需到相应地方缴纳自考审定费和毕业证书费。

领取毕业证书

审核通过后，按通知要求前往指定地点领取毕业证书及毕业生登记表。

领取时需携带身份证件及相关申请材料。

邮寄服务（如适用）：

考生可登录“南京社考”微信公众号，申请毕业证书代办邮寄服务，毕业证书将在学信网认证完成后寄送。

建议在申请毕业前，仔细阅读并了解官方通知，确保所有材料和步骤都符合要求，以免错过申请期限或影响毕业进程。