学校自办超市的纳税方式主要 取决于超市的注册类型（一般纳税人或小规模纳税人）以及销售额的多少。以下是一些基本的纳税规定：

增值税

小规模纳税人：通常按销售额的3%缴纳增值税。

一般纳税人：适用的增值税税率为13%。如果超市的销售额超过一定标准（如80万元/年），则需强制认定为一般纳税人，按销售收入的17%计提销项税，同时可以抵扣购进货物的进项税，这样计算下来的税负一般要低于3%。

企业所得税

小规模纳税人：年底按开票收入减去有票成本的差额再交企业所得税，税率通常为25%。

一般纳税人：按利润总额的25%交企业所得税。

城市维护建设税和教育费附加

城市维护建设税：按增值税额的7%计算，按月向地税部门缴纳。

教育费附加：按增值税额的3%计算，按月向地税部门缴纳。

其他税费

印花税：购销合同按购销金额的万分之三贴花；帐本按5元/本缴纳（每年启用时）；年度按“实收资本”与“资本公积”之和的万分之五缴纳（第一年按全额缴纳，以后按年度增加部分缴纳）。

房产税：按自有房产原值的70%*1.2%缴纳，按年向地税部门缴纳。

车船税：按车辆缴纳，具体税额根据当地规定不同，不同车型税额也不同。

个人所得税：对商店员工工资、薪金所得，按照个人所得税法规定计算税款，由超市代扣代缴。

建议

确定纳税人身份：根据超市的规模和预期销售额，选择适当的纳税人身份（一般纳税人或小规模纳税人）。

咨询专业税务人员：由于税法规定可能会有变动，建议咨询当地税务机关或专业税务顾问，以获取最新的税率和税务要求。

按时申报和缴税：确保按时进行税务申报和缴税，避免因逾期而产生罚款或其他不利后果。

通过以上信息，学校自办超市可以根据自身情况合理规划税务事宜，确保合法合规经营。