学校发票扣税的一般流程如下：

开具发票 ：企业在销售商品或提供服务时，需要开具发票给客户。

纳税人识别号认证：

客户收到发票后，需要在税务局网站上输入纳税人识别号进行认证。

发票信息核对：

税务局系统会核对发票上的信息和客户的纳税识别号是否匹配。

税率计算

增值税：

小规模纳税人：按开票额的3%交增值税。

一般纳税人：按销售额的13%交增值税（注意：此税率可能随政策调整而变化，建议核实最新税率）。

城建税：按增值税额的7%计算，按月向地税部门缴纳。

教育费附加：按增值税额的3%计算，按月向地税部门缴纳。

地方教育费附加：按增值税额的2%计算，按月向地税部门缴纳。

企业所得税：

小规模纳税人：年底按开票收入减有票的成本的差额再交企业所得税，税率25%。

一般纳税人：按利润总额的25%交企业所得税。

其他税费：可能还包括房产税、土地使用税、管理费等，具体税率和计算方法依据当地政策而定。

申报税款：

企业需要在规定的时间内将应缴税款申报给税务局，并缴纳税款。

税务机关审核：

税务局会对企业的纳税情况进行审核，如有问题会要求企业补交税款或进行调整。

税款划拨：

当企业的应缴税款被确认无误后，税务局会将税款划拨到企业的银行账户中。

建议

及时更新税率信息：由于税率可能随政策调整而变化，学校应定期关注最新税率信息，确保准确计算税款。

妥善保管发票和财务记录：发票和财务记录是税务申报和审核的重要依据，学校应妥善保管，以备不时之需。

咨询专业税务人员：如有疑问或复杂情况，建议咨询专业税务人员或税务局，确保依法纳税。