学校上级来文的归档流程可以总结如下：

收集与分类

收集所有上级来文，包括请示、报告、批复、批示等。

根据文件内容进行分类，涉及本校的单独分类立卷，普发性文件以发文机关为单位立为一卷或数卷。

立卷与整理

各单位形成的公文与资料需向档案馆移交两套立卷存档，第一套按问题、期限分类立卷，第二套按文号分别组卷。

声像资料需与相应的纸质文件材料一起归档，互注参见号，光盘需移交三套归档。

技术要求

实体卷整理：依据相关表格和立卷归档方法，将文件材料分类组卷、编写页码、拟写案卷题名，进行预立卷。

网上著录：预立卷的档案资料全部实行网上立卷归档，录入档案网络管理系统时，确保信息完整、准确及著录格式规范，电子全文上传系统时统一为PDF格式。

归档存储与管理

归档文件需按照事务的性质、种类、年度和保密程度进行分类，建立科学的公文档案分类体系和组织机构。

归档文件需妥善保管，便于查阅和利用，建立索引以便快速检索。

归档文件整理规则

来文与复文（请示与批复、报告与批示、函与复函等）可以独立成件或组合成一件归档。

归档文件整理过程中，请示与批复、报告与批示、函与复函单独成件时，一份文件为一件，排列时可以根据事由原则，将其排列相邻；组合成为一件时，复文在前，来文在后，一般为先批复后请示，先批示后报告，先复函后发函。

归档文件封面填写

封面应填写上级来文的全宗名称、归档文件所属的年份、保管起始日期及所属的机构或问题分类。

通过以上步骤，学校可以确保上级来文得到规范、系统的归档，便于后续的查阅和利用。