学校作为扣缴义务人，在发放教职工工资时，需要按照以下步骤进行扣税：

确定累计预扣预缴应纳税所得额

累计收入：教职工的总收入。

累计免税收入：教职工可以享受的免税收入。

累计减除费用：包括基本减除费用（如五险一金）和专项减除费用（如专项附加扣除）。

累计专项附加扣除：包括子女教育、继续教育、大病医疗、住房贷款利息或住房租金、赡养老人等支出。

累计依法确定的其他扣除：如商业健康保险、税收递延型养老保险等。

公式：累计预扣预缴应纳税所得额 = 累计收入 - 累计免税收入 - 累计减除费用 - 累计专项扣除 - 累计专项附加扣除 - 累计依法确定的其他扣除。

计算本期应预扣预缴税额

预扣率：根据累计预扣预缴应纳税所得额所处的税率档次。

速算扣除数：对应税率档次的速算扣除数。

累计减免税额：教职工可以享受的累计减免税额。

累计已预扣预缴税额：之前已经预扣预缴的税额。

公式：本期应预扣预缴税额 = （累计预扣预缴应纳税所得额 × 预扣率 - 速算扣除数） - 累计减免税额 - 累计已预扣预缴税额。

扣除五险一金

五险一金包括养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险、生育保险和住房公积金。

扣除个税起征点

个税起征点是5000元，即月收入在5000元以下的，不需要交个人所得税；超过5000元的部分才需要按照相应的标准缴纳个人所得税。

计算应纳税额

应纳税所得额 = 月收入 - 五险一金 - 个税起征点。

应纳个人所得税税额 = 应纳税所得额 × 适用税率 - 速算扣除数。

计算实发工资

实发工资 = 应发工资 - 五险一金 - 应纳个人所得税税额。

建议

学校应确保在发放工资前，准确计算并扣除所有应缴税款，并在规定时间内进行申报和缴纳。同时，学校应定期更新工资薪金所得的相关信息，以确保扣税计算的准确性。对于有特殊情况的教职工（如全年一次性奖金），应按照相关税法规定进行单独计算和缴税。