本科军校毕业后的分配主要遵循以下原则和程序：

毕业考核与资格

学员需完成教学计划规定的全部课程，经考核合格，达到毕业要求，方可毕业并颁发毕业证书。符合学位授予条件的学员，还会被授予学士学位，并按规定授予少尉军（警）衔，待遇级别定为十八级。

分配原则

原单位任职：原则上学员会回到原单位任职，但具体情况可能因个人表现和部队需求有所调整。

专业对口：分配时会考虑学员所学专业，尽量安排到与专业相关的岗位。

基层岗位：大部分学员会被分配到基层部队，担任现役军官或文职干部，指挥类专业的学员通常会被分配到基层部队排长或与排长相当的位置，专业技术类的学员则会被分配到相应的技术岗位。

综合评定：学员的分配会根据个人表现、专业特长、部队需求等多个因素进行综合考虑，综合成绩排名靠前的学员有优先选择权。

特殊需求：对于表现优异的学员，可能会留校任教，但这种情况较少。此外，还有可能根据部队建设需要，被分配到艰苦地区或特殊岗位。

分配程序

学员毕业后，会根据个人意愿和部队需求，结合综合评定成绩，依次选择分配去向。分配过程中会考虑学员的家庭情况和个人表现，尽量做到公平合理。

分配方案由军队院校根据年度部队建设需要制定，并统一分配。

待遇

在校期间，学员享受供给制待遇，不缴纳学费，按标准定期发放军装、被褥和生活用品，享受公费医疗和相应假期，每年按规定报销探亲往返车船费。

毕业后，学员会按照军衔和职务等级享受相应的工资待遇。

综上所述，本科军校毕业生在毕业后，会根据个人表现、专业特长、部队需求等因素，由军队统一分配至相应岗位，担任现役军官或文职干部。分配过程中会尽量满足学员的个人意愿和原单位任职的要求，同时也会考虑部队建设的实际需要。