南京拥有多所知名的本科大学，以下是一些主要的本科大学：

南京大学：

教育部直属的全国重点大学，以多学科协调发展著称，尤其在人文科学和社会科学领域具有很高的声誉。

东南大学：

教育部直属的全国重点大学，以工学为主，涵盖了理、工、医、经、管、文、法、艺术等多个学科门类。

南京航空航天大学：

工业和信息化部直属的全国重点大学，以航空航天科学技术为主，工学为主体，理、工、管、文、法等多学科协调发展。

南京理工大学：

以工为主，理、管、文等多学科协调发展的全国重点大学。

南京农业大学：

专注于农业领域的研究与教育，是中国农林大学的一部分。

河海大学：

以水利为特色，理、工、文、经、管等多学科协调发展的全国重点大学。

南京信息工程大学：

以信息科学技术为主，理、工、管、文等多学科协调发展的全国重点大学。

南京师范大学：

江苏省重点建设的师范类高校，在教育学科领域有着很高的学术声誉。

南京医科大学：

以医学教育为主，理、工、管等多学科协调发展的全国重点大学。

南京财经大学：

以经济学、管理学为主，理、工、文、法等多学科协调发展的省属重点大学。

南京工业大学：

以工为主，理、管、文等多学科协调发展的省属重点大学。

南京艺术学院：

专注于艺术教育的省属重点大学。

南京体育学院：

专注于体育教育的省属重点大学。

南京工程学院：

以工科为主，理、管、文等多学科协调发展的省属重点大学。

江苏警官学院：

专注于警官教育的省属本科院校。

南京特殊教育师范学院：

专注于特殊教育教育的省属本科院校。

金陵科技学院：

以工科为主，理、管、文等多学科协调发展的民办本科院校。

南京晓庄学院：

以教师教育为主的民办本科院校。

南京审计大学：

以审计学为特色，理、工、管、文等多学科协调发展的省属重点大学。

这些大学在各自的领域内都有较高的学术声誉和影响力，是南京乃至全国的重要高等教育机构。