网络教育本科扣税方式如下：

确定纳税人类型

根据经营性质和提供的服务类型，确定是小规模纳税人还是一般纳税人。

计算应纳税额

小规模纳税人：通常按照销售额的一定比例（如3%）计算税额。

一般纳税人：需要按照销售额减去成本后的金额，按照适用的增值税税率（如6%）计算税额。

开具发票

向支付授课费的单位或个人开具正规发票，如增值税普通发票。

申报纳税

将开具的发票和计算出的税额提交给税务机关，可以选择网上申报或到税务局现场申报。

缴纳税款

按照税务机关的要求，通过银行转账等方式缴纳计算出的税款。

保存凭证

保存好所有与缴税相关的凭证，如发票、纳税申报表、缴税凭证等，以备后续查验。

财务报表和审计

教育机构还需按规定进行财务报表的编制和审计，确保税务申报的真实性。

此外，根据相关个人所得税政策，网络教育本科可以作为继续教育专项附加扣除项进行个人所得税抵扣。具体抵扣标准如下：

定额扣除

在学历（学位）教育期间，按照每月400元的标准定额扣除，最多可以扣除48个月，累积最多可以扣除19200元。

扣除方式

纳税人可以选择由其父母扣除，也可以选择由本人扣除，但不得同时扣除。

证书信息

对于技能人员职业资格和专业技术人员职业资格继续教育，采取凭证书信息定额扣除方式，纳税人在取得证书后向扣缴义务人提供相关信息。

学籍信息

对于学历继续教育，采取凭学籍信息定额扣除方式，纳税人向扣缴义务人提供相关信息。

建议：

在进行网络教育本科学习的同时，留意相关税务政策，确保按时申报并缴纳相应的税款。

妥善保存所有相关凭证，以备后续查验。

如果对具体操作有疑问，建议咨询当地税务部门或专业税务顾问。