自动化专业可以攻读博士学位的学科方向主要有以下几种：

控制理论与控制工程：

这是自动化专业中最常见的博士研究方向，涵盖了系统的建模、分析、设计、优化和控制等方面。该学科在非线性系统控制、鲁棒自适应控制、智能控制、计算机控制等领域有广泛的研究。

系统工程：

该学科主要研究复杂系统的建模、分析、设计、优化、控制、预测和决策，涉及信息、控制和管理等多门学科的交叉应用。系统工程在复杂生产工程综合自动化、企业信息化管理与集成技术等方面有重要应用。

模式识别与智能系统：

该学科主要研究信息的采集、处理与特征提取，模式识别与分析，以及智能系统的设计。研究领域包括图像模式识别、语音识别、计算机控制、视觉伺服与控制等。

导航、制导与控制：

该学科综合性应用技术学科，主要通过导航、制导、控制及仿真研究航空、航天、航海、陆行各类运动体的运动姿态和轨迹，是国防武器系统和民用运输系统的重要核心技术之一。

数字制造与自动化：

这是一个较为新兴的研究方向，主要研究制造过程中的自动化技术，包括数字化、网络化、智能化等方面的研究。

建议根据个人兴趣和研究方向选择合适的学科进行攻读。例如，对控制理论有浓厚兴趣的学生可以选择控制理论与控制工程；对人工智能和模式识别感兴趣的学生可以选择模式识别与智能系统；对航空航天和导航制导有浓厚兴趣的学生可以选择导航、制导与控制。