上海交通大学拥有多个学院和直属系，涵盖了广泛的学科领域。以下是一些主要的学院和系：

机械与动力工程学院

机械工程

能源与动力工程

核工程与核技术

电子信息与电气工程学院

自动化

信息工程

电子科学与技术

计算机科学与技术

测控技术与仪器

电气工程及其自动化

信息安全

软件工程

微电子科学与工程

人工智能（卓越人才试点班）

材料科学与工程学院

材料科学与工程

环境科学与工程学院

环境科学与工程

生物医学工程学院

生物医学工程

航空航天学院

航空航天工程

智慧能源创新学院

电气工程及其自动化（产教融合培养班）

数学科学学院

数学与应用数学

统计学

物理与天文学院

物理学

天文学

化学化工学院

化学工程与工艺

化学（含高分子方向）

致远学院

数学与应用数学

物理学

计算机科学与技术

化学

生物科学

生物医学科学

海洋学院

海洋科学（物理海洋与观测技术）

海洋科学（化学、生物与地质海洋）

生命科学技术学院

生物技术

生物工程

农业与生物学院

农业资源与环境

动物科学

食品科学与工程

植物科学与技术

医学院

临床医学（本博连读）

临床医学（本博连读法语班）

临床医学（五年制）

临床医学（儿科学方向5+3）

临床医学（英语班）

口腔医学（本博连读口腔医学方向）

口腔医学（五年制）

预防医学

医学技术类（医学检验技术、食品卫生与营养学）

护理学

药学院

药学

临床药学（五年制）

安泰经济与管理学院

经济管理试验班

金融学

经济学

工商管理

会计学

人力资源管理

信息管理与信息系统

凯原法学院

法学试验班

外国语学院

英语

日语

德语

人文学院

汉语言文学（中外文化交流）

行政管理

传播学

广播电视编导

文化产业管理

船舶海洋与建筑工程学院

海洋工程类/土木类

船舶与海洋工程

土木工程

交通运输（3+1+2改革省份要求物理且化学）

工程力学（强基计划）

集成电路学院

变革性分子前沿科学中心

变革性小分子

变革性大分子

变革性超分子

超快原位分子表征技术

计算机科学与工程系

计算机科学与技术

计算机软件与理论

计算机体系结构

计算机应用

这些学院和系涵盖了从理学、工学到医学、管理学的多个学科门类，为学生提供了丰富的学术选择和研究机会。