截至2024年，清华大学共设有 20个学院、57个系，涵盖理学、工学、文学、艺术学、历史学、哲学、经济学、管理学、法学、教育学和医学等11个学科门类。具体系所包括：

1.  建筑学院，包含建筑系、景观学系、建筑技术科学系、城市规划系等。

2.  土木水利学院，包含水利水电工程系、土木工程系、建设管理系等。

3.  机械工程学院，包含机械工程系、精密仪器系、能源与动力工程系等。

4.  航天航空学院，包含工程力学系、航空宇航工程系等。

5.  电机工程与应用电子技术系。

6.  信息科学技术学院，包含电子工程系、计算机科学与技术系、自动化系、微电子与纳电子学系（微电子学研究所）等。

7.  交叉信息研究院，包含计算机科学与技术（人工智能班）、计算机科学与技术（量子信息班）等。

8.  经济管理学院，包含会计系、经济系、金融系、创新创业与战略系、领导力与组织管理系、管理科学与工程系、市场营销系等。

9.  社会科学学院，包含社会学系、政治学系、国际关系学系、心理学系、经济学研究所等。

10.  人文学院，包含中国语言文学系、外国语言文学系、历史系、科学史系、哲学系等。

11.  法学院。

12.  新闻与传播学院。

13.  美术学院，包含史论分部（艺术史论系）、设计分部（工业设计系、环境艺术设计系、陶瓷艺术设计系、视觉传达设计系、染织服装艺术设计系、信息艺术设计系）、美术分部（工艺美术系、绘画系、雕塑系）。

14.  医学院/北京协和医学院-清华大学医学部，包含生物医学工程系、临床医学等。

15.  药学院。

16.  清华大学深圳国际研究生院，包含工商管理、会计、医疗管理等专业。

17.  公共管理学院。

18.  工业工程系。

19.  材料学院。

20.  理学院，包含数学科学系、物理系、化学系、地球系统科学系、天文系等。

21.  生命科学学院。

22.  继续教育学院。

23.  苏世民书院。

24.  教育研究院。

25.  全球创新学院。

26.  新雅书院。

27.  核能与新能源技术研究院。

28.  体育部。

29.  语言教学中心。

30.  艺术教育中心。

31.  燃烧能源中心数学科学中心。

32.  出土文献研究与保护中心。

33.  电机工程与应用电子技术系。

34.  工程物理系。

35.  化学工程系。

36.  航空发动机研究院。

37.  交叉信息研究院。

38.  高等研究院。

39.  智能产业研究院。

40.  未来实验室脑与智能实验室。

41.  集成电路学院。

此外，2024年清华大学还新增了心理与认知科学系、统计与数据科学系和人工智能学院。