工程师加班工资的计算方法如下：

工作日加班工资

计算公式：工作日加班工资 = 加班工资基数 ÷ 21.75 ÷ 8 × 加班时长 × 1.5

说明：工作日加班工资是正常工作日安排劳动者延长工作时间所支付的工资报酬，按照不低于劳动者本人小时工资的150%支付。

休息日加班工资

计算公式：休息日加班工资 = 加班工资基数 ÷ 21.75 ÷ 8 × 加班时长 × 2

说明：休息日加班工资是休息日安排劳动者工作又不能安排补休所支付的工资报酬，按照不低于劳动者本人日或小时工资的200%支付。

法定休假日加班工资

计算公式：法定休假日加班工资 = 加班工资基数 ÷ 21.75 ÷ 8 × 加班时长 × 3

说明：法定休假日加班工资是法定休假日安排劳动者工作所支付的工资报酬，按照不低于劳动者本人日或小时工资的300%支付。

注意事项

加班工资基数：加班工资基数通常以劳动合同规定的月工资标准为基础，扣除加班费后计算。如果劳动合同中有明确约定，则按约定标准确定，但不得低于当地最低工资标准。

月计薪天数：月计薪天数为21.75天，用于将月工资标准折算成日工资和小时工资。

特殊情况下：如请假时间不计入工作时间，工资按实际出勤时间计算。

这些规定和计算方法适用于标准工时制、综合工时制和不定时工时制等不同工时制下的加班工资计算。用人单位应按照相关法律法规的规定，合理计算并支付劳动者的加班工资。