甲方土建工程师在管理项目时，可以从以下几个方面入手：

图纸审核与技术交底

在招标前，对工程的招标图纸和工程量清单进行严格审核，避免遗漏。

在施工前，对工程施工设计图纸进行审查，并进行必要的技术交底，确保施工顺利进行。

施工质量管理

掌握施工工艺的关键程序，熟悉不同施工工艺的顺序和验收标准，全面管理工程质量。

对施工单位和监理单位的行为进行监督管理，防止作假行为。

施工进度和造价管理

定期对工程进度进行总结和分析，评审施工工艺和施工质量。

对延误工期的现象及时分析原因并做出纠错的对策。

对工程造价进行严格控制，特别是工程变更和现场签证，根据实际情况进行判断，并与相关单位协商后做出批示。

预算管理与控制

结合工程施工制定图纸、费用定额及本地施工材料、设备和人工费用进行工程项目总的造价编制。

在施工阶段依据预算编制进行预算控制，强化监督，确保各项费用支出按预算进度进行。

对工程变更和现场签证进行严格管理，避免后期工程索赔问题。

现场管理与协调

做好施工前的准备工作，包括施工许可证办理、临时水电供应、道路使用手续等。

督促施工方办好各种施工手续和后勤保障工作，如塔吊报验、工人上岗证等。

按施工现场管理与施工作业要求，督促施工方提前做好准备工作。

要求监理、总包方加强安全文明措施与检查，确保工程安全顺利进行。

合同管理与成本控制

强化合同管理功能，确保施工现场的进度、安全、质量、技术、资源配置及成本控制等组织实施和协调管理。

通过更新观念和转换机制，促进建筑企业树立竞争、市场及效益观念，强化施工管理力度。

监理与质量控制

配合监理工程师进行工程分项验收，共同把控施工质量。

对隐蔽工程加强检查和验收，制定每道工序检查验收和签字制度，做好隐蔽工程验收记录。

安全文明管理

与施工单位签订安全责任书，明确各方安全责任。

加强现场安全检查，设立甲方安全责任人，确保安全与施工同步，进行全过程、全方位、全天候的动态管理。

材料设备选型与管理

负责土建专业材料设备选型工作，对材料的质量、价格与生产能力进行比对，为领导决策提供依据。

收集、整理、编写土建专业工程简报，及时向领导反映工程中存在的疑难问题。

设计变更与现场签证管理

审查土建专业的设计变更和现场签证，对设计变更产生的各种影响反复论证，尽量减少设计变更，确保工程质量与经济效益。

通过以上几个方面的管理，甲方土建工程师可以有效地控制项目的进度、质量和造价，确保工程顺利进行并达到预期目标。