土建工程师管理施工单位的方法主要包括以下几个方面：

建立健全施工质量保证体系

督促各职能部门做好质量管理方面的工作，协调与检查，明确各级质检员的任务。

及时开展内部与外部质量保证活动，加强每个工序在施工过程中的检查。

设置专业质量管理人员负责管理从项目经理部到各施工队的各个人员。

提高建筑企业人员素质

严格人员准入，提高人员素质，改善劳动条件。

提高建筑企业人员的决策能力、管理能力、经营能力、控制能力、作业能力素质。

施工人员必须把好质量观，做好预控观，综合效益观，全心全意为用户服务。

施工过程的三控控制要点

事前质量控制：在正式施工前进行质量控制，贯穿于施工的全过程。

事中质量控制：全面控制施工质量，把控制的中心放在工序质量上。

事后质量控制：完成施工过程后，进行质量评定、组织竣工验收等。

严控建材及建筑构配件和设备质量

采购材料要掌握材料信息，综合比较，在合格的供方厂家或有信誉的商店采购。

广开门路，择优进货，确保材料质量。

施工现场的组织机构管理

以市场需要为导向，科学合理的组织安排各项作业，消除施工现场的浪费现象。

合理组织人力资源，搞好班组管理、项目管理，提高全员的思想素质和技术业务素质。

加强定额考核和投标工作的管理，降低物耗及能耗，减少物料压库占用资金现象。

合同管理

严格执行土建工程合同规定，确保合同履约完成。

协助处理土建工程合同实施执行过程中的纠纷、索赔等事宜。

质量控制

审查确认承包商的质量保证体系，进场材料、设备的质量控制。

监理规划、投资控制、进度控制等多方面的工作。

进度控制

根据合同及公司总体布置情况编制施工总进度计划，审查工程施工组织设计。

控制土建工程项目的现场施工进度，确保进度计划的完成。

投资控制

审核批准拨付合同范围内的进度款，处理变更和索赔。

现场检查和沟通

定期进行现场检查和沟通，及时解决问题和调整计划。

保持透明和公正，对施工单位的工作进行评估和考核，确保按时完成任务并符合质量要求。

激励和惩罚机制

建立良好的激励和惩罚机制，激励施工单位的表现并对不良表现采取相应的措施。

利用监理的作用

充分发挥监理在工程质量、安全文明施工、进度方面的作用及技术方面的专长。

文件管理

注意做好施工过程中的文件来往记录，为反索赔取证提供依据。

后评估

对施工单位进行后评估，作为投标的优惠条件。

通过以上方法，土建工程师可以有效地管理施工单位，确保工程的质量、进度和成本控制，实现项目的顺利完成。