清华大学的部门设置较为复杂，包含院系、行政部门、直属机构及下属单位等。以下是主要分类及部分机构名称的整理：

一、院系设置

基础学科院系

理学院（数学科学系、物理系、化学系等）

材料学院

生命科学学院

天文系

化学工程系

信息科学技术学院（电子工程系、计算机科学与技术系等）

机械工程学院（机械工程系、精密仪器系等）

航天航空学院（工程力学系、航空宇航工程系等）

理学院下属的数学科学系、地球系统科学系等细分学科

应用与交叉学科院系

建筑学院（建筑与城市研究所等）

土木水利学院（水利水电工程系、土木工程系等）

环境学院（环境科学与工程研究院等）

经济管理学院（会计系、金融系等）

公共管理学院（公共政策、社会保障等）

法学院（民商法、国际法等）

新闻与传播学院（新闻学、传播学等）

美术学院（艺术史论系、设计分部等）

特色院系

临床医学院（基础医学院、临床医学部）

药学院（药学、药理学等）

体育部（体育教育、体育训练等）

国际化办学机构：苏世民书院、新雅书院等

二、行政部门

党委职能部门

党委武装部（国防教育与人才培养）

党委宣传部（意识形态、新闻舆论）

党委研究生工作部（研究生党建、事务管理）

党委教师工作部（教师思想政治教育）

教学管理部门

人事处（人力资源管理）

发展规划处（学科、校园规划）

教务处（教学运行管理）

学生事务部门

党委学生部（本科生党建、活动管理）

团委（学生实践、创新活动）

学生事务办公室（奖助学金、纪律管理）

三、直属机构与校办企业

直属机构 ：信息科学与技术国家实验室、清华大学医学部（临床医学院等）

校办企业 ：清华控股有限公司、清华紫光股份公司等

四、其他说明

清华大学还设有多个研究院、中心及分部，如环境科学与工程研究院、中国新型城镇化研究院等，以及国际交流机构如全球创新学院。部分信息来源将“系”与“院”混用（如理学院下属的数学科学系），实际二者是不同层级机构。

以上内容综合了多个来源的信息，具体部门设置以学校官方公告为准。