目前广州市内由中科院直属的机构主要有以下两所：

中国科学院大学广州学院

该学院成立于2018年1月，由广州市政府、中国科学院大学、黄埔区政府、天河区政府共同签署框架协议共建，定位为面向前沿科学和技术的研究型大学，属于中国科学院大学的二级学院。学院设有天河、黄埔两个校区，其中天河校区位于华南植物园内，重点发展园林园艺、能源资源、生态环境等领域。

中国科学院南海海洋研究所

该所成立于1959年，是国立综合性海洋研究机构，位于广州市。研究领域涵盖热带海洋环境动力与生态过程、边缘海地质演化与油气资源、海洋生物资源可持续利用等，拥有中国工程院院士2人，国家百千万人才工程人选5人。

中国科学院广州能源研究所

该所成立于1978年，专注于可再生能源与新能源领域，是国家级科研机构。研究方向包括生物质能、海洋能、太阳能等，设有能源科学与技术学院，承担多项国家重大科研项目。

补充说明

中科院在穗的6个整体搬迁项目（中科院广州分院、南海海洋研究所等）中，部分项目（如中科院广州分院）已启动规划，但尚未完全迁入。- 广州科学城（包括明珠科学园）计划建设多个科研院所和基础设施，但截至2025年2月，中科院广州生物医学与健康研究院等机构的建设进度尚未完全公开。以上信息综合了中科院官网及权威平台数据，确保权威性和时效性。