根据多个权威来源的综合评估，日本计算机专业实力最强的两所大学为东京大学和京都大学，具体分析如下：

一、东京大学

综合实力与排名

东京大学是日本国内综合实力最顶尖的国立大学，2024年QS世界排名38位，计算机科学与技术专业位居全球第38名。其学科覆盖全面，尤其在情报科学、工学等领域具有世界级影响力。

专业设置与研究方向

情报工学研究科 ：包含计算机科学、数理情报学、智能机械情报学等6个专攻，覆盖计算机科学与技术的核心领域。

工学部 ：设有电气电子工学科、机械情报工学科等，强调工程与情报技术的结合。

学术资源与入学门槛

以严格选拔著称，录取竞争激烈，但教育质量保证亚洲顶尖水平。

二、京都大学

综合实力与排名

与东京大学齐名，被视为日本“科学家的摇篮”，在基础研究领域成就显著。2020年QS世界排名33位，情报学研究科在认知科学、媒体应用等前沿领域表现突出。

专业设置与研究方向

工学研究科 ：涵盖智能情报学、社会情报学、通信情报系统等方向，注重学术自由与创新。

情报学研究科 ：包含认知科学、媒体工程等特色方向，博士生多参与国际学术项目。

三、其他推荐院校

东京工业大学 ：工学部情报工学科（2020年QS排名58位）

筑波大学 ：系统情报工学研究科（含人工智能、嵌入式系统等方向）

大阪大学 ：情报科学研究科（侧重软件工程、多媒体工程）

四、选择建议

学术导向 ：若侧重理论研究与顶尖学术资源，东京大学是首选；若偏好创新环境与前沿项目，京都大学更合适。- 申请准备 ：东京大学对英语要求较高，需关注修士考试TOEFL成绩；京都大学则更注重研究潜力。综上，东京大学和京都大学是日本计算机专业最顶尖的学府，可根据个人学术方向和需求选择。