根据多个权威来源的综合评估，日本机械专业最好的学校主要集中在东京、京都和大阪三大都市圈，以下是综合排名及推荐院校的详细分析：

一、顶尖综合类院校

东京工业大学（工学部）

被誉为“日本麻省理工”，机械专业覆盖工程力学、材料力学、流体力学等核心课程，还涉及机器人、精密工程、医疗生物等前沿领域。 - 学部规模大，国际化程度高，每年吸引大量海外留学生。

京都大学（物理工学科）

无独立机械学科，但物理工学科包含机械系统、材料力学等方向，课程注重理论与工程实践结合。 - 国公立学费便宜，生活成本较低，是关西地区顶尖学府。

大阪大学（工学研究科）

以应用理工科见长，机械专业涵盖机电一体化、生物机械等方向，与丰田等企业合作紧密。 - 关西地区就业优势明显，尤其适合希望进入汽车、电子等行业的学生。

二、特色鲜明院校

东京大学（工学院）

分为机械工学科和机械情报学科，前者强调基础理论，后者结合机器人、虚拟现实等新兴领域。 - 研究投入大，覆盖环境、能源、医疗等多元化方向。

京都大学（物理工学科）

机械系统科目历史悠久，涵盖机械材料力学、流体理工学等经典领域。 - 国内排名稳居前茅，学术声誉高。

大阪大学（工学研究科）

以创新设计见长，开设创造设计、知能制御等课程，注重实践与产业结合。 - 毕业生就业竞争力强，尤其在关西地区享有较高认可度。

三、其他推荐院校

九州大学 ：工学部机械航空工学科，侧重航空航天领域，强调实验与设计结合。- 东北大学 ：机械门类多且专业深度大，依托理科基础输送大量工程人才。

总结建议

首选东京工业大学 ，综合实力最强，适合追求国际化教育和前沿研究的学生。- 京都大学 适合偏好理论研究与稳定学术环境的学生。- 大阪大学 则更适合注重实践应用和产业对接的求职者。建议根据个人职业规划、学术兴趣及预算选择院校，并可通过大学官网或留学机构进一步了解具体专业设置和申请要求。