南京市拥有众多本科院校，涵盖了综合、理工、医药、财经、艺术等多个领域。以下是南京市的主要本科大学名单：

南京大学（世界一流大学建设高校）

东南大学（世界一流大学建设高校）

南京航空航天大学（世界一流学科建设高校）

南京理工大学（世界一流学科建设高校）

南京工业大学

南京邮电大学（世界一流学科建设高校）

河海大学（世界一流学科建设高校）

南京林业大学（世界一流学科建设高校）

南京信息工程大学（世界一流学科建设高校）

南京农业大学（世界一流学科建设高校）

南京医科大学（世界一流学科建设高校）

南京中医药大学（世界一流学科建设高校）

中国药科大学（世界一流学科建设高校）

南京师范大学（世界一流学科建设高校）

南京财经大学

江苏警官学院

南京体育学院

南京艺术学院

南京工业职业技术大学

三江学院（民办）

南京工程学院

南京审计大学

南京晓庄学院

南京特殊教育师范学院

南京警察学院

金陵科技学院

南京传媒学院（民办）

江苏第二师范学院

南京市还有一些独立学院，如：

东南大学成贤学院

南京大学金陵学院

南京理工大学紫金学院

南京航空航天大学金城学院

南京工业大学浦江学院

南京审计大学金审学院

这些院校中，南京大学和东南大学是“双一流”A类建设高校，其他如南京航空航天大学、南京理工大学、南京师范大学等也均为“双一流”建设高校或具有显著学科优势的高校。