重庆新高考实行赋分制度的主要原因是为了 公平对待不同选考科目成绩 。具体原因如下：

平衡不同科目难度差异 ：不同科目之间存在不同的难度，如果直接以原始分数来评判，会导致一些学生因为选择了较难的科目而处于不利地位，而选择了较易的科目则可能获得不公平的优势。通过赋分制，可以将不同科目的分数转换到同一水平线上，从而平衡这种难度差异。

相对公平的评价方式 ：赋分制根据考生在全体考生中的相对位置进行评价，而不是单纯地看原始分数。这种方式可以消除不同科目难度和评分标准不同所带来的影响，使得不同科目的分数具有可比性。

增加高考结果的公平性 ：赋分制放大了分数差距，可能导致一些学生赋分后成绩不如预期，增加了考试结果的不确定性。尽管如此，从整体上看，赋分制还是为了追求更公平的评价方式。

适应“3+1+2”模式 ：在新高考的“3+1+2”模式下，学生需要从物理和历史中选择一科，再从政治、地理、化学和生物中选择两科。这种选科组合很多，但每一科的难度不同。赋分制可以保证不同科目之间的成绩具有可比性，从而提升高考的公平性。

综上所述，重庆新高考实行赋分制度，主要是为了平衡不同科目之间的难度差异，实现更公平的评价方式，并适应新的高考模式。