自主招生的投档流程通常遵循以下步骤：

网上报名 ：

考生首先需要在网上进行注册，并登录相应的高校网站填写个人信息和学习情况。

材料提交与审核 ：

考生提交必要的报名材料，并通过网上备案。市级招生办公室或相关招生机构对提交的材料进行审核。

投档申请 ：

自主招生试点高校根据考生的报名信息和材料，提出投档申请。市级录取领导小组对高校提出的申请进行审核批准后，投档给高校。

投档原则 ：

高职单招通常实行计算机远程网上录取，并遵循平行志愿投档原则，即“分数优先、遵循志愿、一次投档、不再补档”。

排序与投档 ：

对符合条件的考生按照总成绩（可能包括职业技能考试和单科成绩等）进行排序。按照考生的志愿顺序依次进行投档，由高校根据自身要求择优录取。

录取决定 ：

当遇到多名考生总成绩相同的情况，会按照特定的科目成绩进行进一步的比较和排序。排序后，如果所有考生的单科成绩都相同，则可能采取全部投档的方式，最终的录取由高校决定。

此外，自主招生的投档方式主要有以下几种模式：

单独投档录取模式 ：

在平行一志愿院校投档前，对先期填报了自主选拔录取试点高校志愿的入选考生先行投档，由高校择优录取。

不单独投档录取模式 ：

自主选拔考生也一并纳入在平行一志愿的填报之中，与其他考生一起按照平行志愿的规则进行投档录取。

综合投档录取模式 ：

入选考生均须参加全国统考，成绩达到生源所在省（自治区、直辖市）确定的与试点学校同批次录取控制分数线的，省级招办可向考生选报的试点学校投档。试点学校对先期考核通过并且符合统考成绩要求的考生进行综合评价、自主选拔录取。

高考分数在高校模拟投档线之下 ：

如果考生高考分数在高校模拟投档线以下，此情况下如果考生想进入自主招生院校，必须在自主招生志愿栏（特殊类型招生志愿栏）中填写自主招生院校，并在专业中填写自己考试通过认定的专业，建议选择服从调剂。

高考分数在模拟投档线之上 ：

如果考生高考分数加上优惠分数超过高校模拟投档线就会被录取，为防万一，建议考生在本科一批志愿中第一志愿依然选择自主招生院校。

建议在填报志愿时，考生应仔细了解各高校的具体招生细则和要求，合理填报志愿，以提高录取机会。