爱沙尼亚拥有多所知名大学，以下是一些主要的大学：

塔尔图大学 （University of Tartu）

成立于1632年，是爱沙尼亚最古老和规模最大的大学，也是北欧乃至全欧洲最古老的大学之一。

提供包括神学、法律、医学、哲学、生物和地理、物理和化学、教育、体育、经商管理、数学和信息科学、社会学等多个学科的综合性教育。

塔林理工大学 （Tallinn University of Technology）

始建于1918年，是塔林最古老和规模最大的大学，同时也是爱沙尼亚最大的国立理工类大学。

提供跨学科的高等教育，专注于创新和科技发展，重点学科包括信息技术、工商管理和工程学。

塔林大学 （Tallinn University）

由塔林市的多所知名大学和学院合并成立，是一所综合性大学。

拥有丰富的学习资源，是波罗的海地区国际性高校之一，与全球多所大学有合作。

爱沙尼亚生命科学大学 （Estonian University of Life Sciences）

位于塔尔图市，专注于自然资源可持续发展、遗产及栖息地环境保护，是该国农业、林业、畜牧业、兽医学、城乡生活和经济、食品科学和环保技术的研究发展中心。

爱沙尼亚商学院 （Estonian Business School）

提供商业教育和管理培训。

爱沙尼亚音乐与戏剧学院 （Estonian Academy of Music and Theatre）

专注于音乐和戏剧教育。

这些大学在各自的领域内都有卓越的表现，并且与国际学术界有着广泛的联系和合作。