大理州内主要的高等教育机构有以下几所：

大理大学

大理大学是大理州唯一的本科院校，具有较高的知名度。学校设有古城和下关两个校区，本部设在古城校区。大理大学提供博士研究生、硕士研究生和本科教育，涵盖经济学、法学、教育学、文学、理学、工学、农学、医学、管理学、艺术学等十个学科门类。

大理农林职业技术学院

这所学院专注于农业和林业技术教育，为当地和周边地区的学生提供相关的职业教育和培训。

云南金马碧鸡职业技术学院

该学院也提供职业教育和成人教育，是大理州内的一所重要教育机构。

云南民族大学文理学院

这是云南民族大学的二级学院，位于大理市周边的丽江校区，提供本科教育。

滇西应用技术大学

滇西应用技术大学是2015年4月经教育部批准建设的全国首批应用技术大学。学校主要培养区域经济社会发展所急需的应用型高层次技术技能人才，采取总部加若干特色学院、应用技术研究院（1+N+M）的开放式办学构架，以及“政、产、学、研、用”一体化办学模式。

大理护理职业学院

这所职业学院专注于护理教育，为当地和周边地区的学生提供护理专业的教育和培训。

大理科技管理学校 、 大理工学院、 丽大理学院

这些学校可能提供不同层次和类型的教育，但在当前的信息中，它们的详细情况不太明确。

综上所述，大理州内主要的高等教育机构包括大理大学、大理农林职业技术学院、云南金马碧鸡职业技术学院、云南民族大学文理学院、滇西应用技术大学和大理护理职业学院。这些学校为当地和周边地区的学生提供了多样化的高等教育服务。