日本大学的专业设置较为广泛，涵盖人文、社会科学、工学、理学、医学、农学、艺术学、体育学、法学、商学、教育学、保健学、家政学、艺术设计、环境科学、情报科学、核工学、船舶工学、航空航天工学、电子电气工学、材料工学、核工学、通信工学、生物资源科学、食品科学、国际地域开发、应用生物科学等16个学部，以及上百种细分专业。

以下为部分主要类别的专业示例：

一、人文社会科学类

文学 ：日本文学、外国文学、比较文化、儿童文学等

历史学 ：国史学、东洋史学、西洋史学等

哲学 ：中国哲学、西方哲学、心理学、美学等

社会学 ：社会福利学、社区政策学等

法学 ：私法学、公法学、国际关系学等

二、社会科学类

经济学 ：产业经营学、公共金融学、经济政策学等

政治学 ：政治経済学、行政学、国际政治学等

教育学 ：学校教育、幼儿教育、教育心理学等

社会学 ：社会福利学、社会行动学等

三、工学类

机械工学 ：机械设计、制造、维修等

电子工学 ：电子情报工学、通信工学等

建筑学 ：城市规划、土木工学、环境工学等

化学工学 ：应用化学、材料科学等

航空航天工学 ：航空宇宙、船舶工学等

四、理学类

数学 ：应用数学、数理科学等

物理学 ：应用物理、天文学等

生物学 ：生命科学、应用生物科学等

化学 ：有机化学、材料化学等

五、医学类

临床医学 ：基础医学、护理学、公共卫生学等

药学 ：药理学、临床药学等

齿学 ：口腔保健学、正畸学等

六、农学类

农业经济学 ：资源经济学、生物资源科学等

林学 ：森林资源科学、生态学等

七、艺术类

设计 ：工业设计、环境设计等

音乐 ：作曲、表演艺术等

动画 ：动画制作、游戏设计等

八、商学类

会计学 ：财务会计、管理会计等

市场营销学 ：消费者行为、品牌管理学等

九、法学类

知识产权法 ：专利法、商标法等

国际法 ：国际商法、国际人权法等

十、教育学类

特殊教育 ：自闭症教育、语言障碍矫正等

教育技术 ：教育心理学、多媒体教学等

十一、医学类

临床医学 ：内科学、外科学等

药学 ：药物研发、临床药学等

十二、工学类

核工学 ：核反应堆设计、核废料处理等

船舶工学 ：船舶设计、海洋工程等

十三、理学类

天文学 ：宇宙学、天体物理等

数学 ：应用数学、数理科学等

十四、农学类

农业经济学 ：资源优化、农业政策等

植物资源科学 ：森林培育、生物多样性等

十五、艺术类

戏剧 ：舞台表演、戏剧理论等