东南大学有多个专业入选国家重点学科和“双一流”建设学科，以下是一些重点专业：

国家一级重点学科 ：

生物医学工程

交通运输工程

建筑学

信息与通信工程

电子科学与技术

国家二级重点学科 ：

结构工程

计算机应用技术

控制理论与控制工程

热能工程

艺术学

国家重点（培育）学科 ：

机械制造及其自动化

“双一流”建设学科 ：

机械工程

材料科学与工程

电子科学与技术

信息与通信工程

控制科学与工程

计算机科学与技术

建筑学

土木工程

交通运输工程

生物医学工程

风景园林学

艺术学理论

国家级特色专业 ：

电子科学与技术

软件工程

建筑学

土木工程

交通工程

信息工程

自动化

计算机科学与技术

生物医学工程

机械工程

工程管理

数学与应用数学

测控技术与仪器

能源与动力工程

道路桥梁与渡河工程

材料科学与工程

医学影像学

江苏省重点学科 ：

机械制造及其自动化

艺术学

学习科学

电力系统及其自动化

电机与电器

材料学

岩土工程

微电子学与固体电子学

计算机软件与理论

遗传学

应用化学

影像医学与核医学

管理科学与工程

伦理学

应用数学

劳动卫生与环境卫生学

制冷及低温工程

这些专业在教学和科研方面都取得了显著成就，并且在国内外享有很高的声誉。建议学生在选择专业时，可以优先考虑这些重点专业，以便获得更优质的教育资源和更广阔的发展前景。