考研难度系数超过96%的五所大学分别是 清华大学 、 北京大学 、 上海交通大学 、 复旦大学 和 浙江大学 。其中，清华大学和北京大学的考研难度最高，可以认为是最难考研的两所大学。

清华大学 ：考研难度系数为99.68%，清华大学作为国内顶尖的高等学府，其考研难度自然不言而喻。清华的考研题目不仅要求考生具备扎实的基础知识，更看重考生的综合素质和创新能力。清华的考研复试环节也是极其严格的，除了考察考生的专业素养外，还会通过面试、笔试等多种方式，全面评估考生的综合素质。

北京大学 ：考研难度系数为98.85%，北京大学与清华大学并称为中国的“双子星”。北大的考研难度同样不容小觑，其考研题目不仅涵盖了广泛的知识点，还注重考察考生的思维能力和解决问题的能力。与清华类似，北大的考研复试也是以全面、严格著称。

上海交通大学 ：考研难度系数为97.73%，作为国内知名的理工科强校，其考研难度也是相当高的。

复旦大学 ：考研难度系数为97.73%，复旦大学作为一所文理见长的学校，其考研难度能排到第三。

浙江大学 ：考研难度系数为96.67%，浙江大学有个有趣的现象，不同学院的考研难度差别挺大的。计算机学院、竺可桢学院考研难度特别高，但农学院等专业相对容易一些。

综合来看，清华大学和北京大学的考研难度最高，属于最难考研的大学。其他三所大学虽然难度也很高，但相比之下略逊一筹。建议考生根据自己的兴趣和实力，选择合适的院校进行报考。