在选择北京航空航天大学（北航）和清华大学（清华）的仪器科学与技术专业时，你可以考虑以下几点：

北航仪器科学与技术专业

学科评估 ：在全国第四轮仪器科学与技术学科评估中，北航与清华大学并列为A+学科。

院系设置 ：北航仪器科学与光电工程学院（17系）和前沿科学技术创新研究院（43系）提供相关专业方向的硕士点和博士点。

研究方向 ：包括光学工程、仪器科学与技术、电子信息等，具体研究方向有量子精密测量与传感、磁悬浮技术与智能机电装备等。

师资力量 ：常驻有多位两院院士研究团队，教育资源雄厚，学风严谨。

就业前景 ：培育出的学生在社会上的认可度高，薪酬待遇丰厚，对于想在北京发展的学生，还有可能申请获得北京市户口。

清华大学仪器科学与技术专业

学科地位 ：清华大学精密仪器系在全国仪器科学与技术领域具有极高的声誉。

专业方向 ：提供多个研究方向，可能包括高精度仪器、智能仪器等高科技领域的研究。

学术氛围 ：清华大学的学术氛围通常非常浓厚，对于追求学术研究的同学来说，是一个非常好的选择。

综合比较

如果你倾向于在北京发展，并且希望获得更多的行业资源和就业机会，北航可能更适合你。

如果你对学术研究有浓厚的兴趣，希望能够在仪器科学与技术领域进行深入探索，清华大学的精密仪器系可能是更好的选择。

其他考虑因素

个人兴趣与职业规划 ：选择学校和专业时，考虑自己的兴趣和未来的职业规划是非常重要的。

招生难度 ：不同学校的保研难度不同，清华大学和北航的难度相对较高。

学校文化和环境 ：每所学校的校园文化和学习环境也会影响你的学习和生活体验。

希望这些信息能帮助你更好地做出选择。