吴澄字幼清,抚州崇仁人.自幼聪敏,三岁能诵读古诗,五岁每日受课千余言,读书通宵达旦.母亲怕他勤奋过度,不让他多读.澄候母亲就寝后,又燃灯读书.九岁与其他子弟参加乡校考试,吴澄总是名列前茅.长大成人之后,学习经、传,致力于圣贤之学.曾参加进士考试,未中.

至元十三年(1276),人民刚归附于蒙古,各处盗贼兴起,社会尚不安宁.乐安郑松邀他避居于布水谷.吴澄在那里著《孝经章句》,并校定《易》、《书》、《诗》、《春秋》、《仪礼》及《大戴记》、《小戴记》.侍御史程钜夫奉诏至江南求贤,吴澄被荐选至京师,但不久因母病辞归.钜夫奏请将吴澄所著各书置于国子监,以供诸生学习.元贞初年(1295),吴澄游学于龙兴时,按察司经历郝文迎他于郡学,每日听他讲经论史,记录其问答凡数千言.行省官员元明善,常以文学自负,但听了吴澄讲解《易》、《诗》、《书》、《春秋》诸经典的含义之后,不禁赞叹道：“同吴先生谈论学问,如同探索大海一般,深不可测.”遂终身拜吴澄为师.左丞董士选把吴澄请到家中,亲自敬茶奉饭,极力向朝廷推荐,说他道德文章都优于常人.朝廷擢引他为应奉翰林文字,当地官府多次敦请,方去赴任,但不久辞职南归.以后又任命他为江西儒学副提举,到职仅三个月,又因病离去.

皇庆元年(1312),升吴澄为司业,以程纯公(程颢)《学校奏疏》、胡文定公(胡安国)《六学教法》、朱文公(朱熹)《学校贡举私议》为教材.教学分为四科：一曰经学,二曰行实,三曰文艺,四曰治事.但这套教学计划未能实施.他常对学生说“：朱子(熹)主要是在探求天理中得到学问,而陆子(象山)则以静心修养德性为主.如果求学不以德性修养为本,则必然偏重于语言文字,舍本逐末.若以德性修养为本,那就可望获得许多知识.”所以有人认为吴澄属于陆象山学派,违背许衡尊信朱子之本意.然而,这些议论者也并不知陆、朱之学是什么.吴澄辞司业之职而去,从学诸生中,有人不告假也随先生南行.不久,朝廷又召澄为集贤直学士,特授奉议大夫,催促迅速回京.但行至真州,因病不能继续前往.

英宗即位,越级提升吴澄为翰林学士,进阶太中大夫.至治三年(1323)英宗驾崩,泰定帝即位,设经筵,首命吴澄与平章政事张王圭、国子祭酒邓文原为讲官.朝廷修纂《英宗实录》,命吴澄主持其事.数月后《实录》修成,尚未进呈,澄称病请求还归故里.中书左丞许师敬,奉旨赐宴于国史院,向吴澄表示朝廷挽留之意,吴澄坚持不肯,宴罢立即出城乘舟南下.中书闻讯,派官员追赶,终未追上,回朝奏告皇帝说：“吴澄是我朝名儒,德高望重的老臣.今告老还乡,朝廷亦不忍使他过于操劳,应该嘉奖才是.”于是,诏令加吴澄为资善大夫,赐金织文绮二件及钞五千贯.

吴澄故居有草房数间,程钜夫为之题名为“草庐”,因此学者称吴澄为“草庐先生”.天历三年(1330),朝廷因吴澄年事已高,特任命其次子吴京为抚州教授,以便就近奉养.天历四年,吴澄病逝,享年八十五岁.朝廷赠为江西行省左丞、上护军,追封临川郡公,谥“文正”.