制药专业就业存在以下缺点：

课程内容过于理论化 ：一些制药工程课程可能过于注重理论，导致实践与理论脱节，学生难以理解和应用所学知识。

就业难度较大 ：由于制药行业竞争激烈，一些毕业生可能会面临就业难度较大的问题。此外，一些制药工程岗位可能需要一定的经验，对于初入职场的学生来说可能会有一定的挑战。

实验条件和实践机会不足 ：一些学校的制药工程实验条件和实践机会可能不够充足，导致学生难以获得足够的实践经验。

薪资水准一般 ：药物制剂技术专业应届毕业生由于经验不足，所以基本收入不会太高，一般能达到底薪3000-4000元不等，相比于其他专业就业薪资而言不算可观。

课程学习具有难度 ：由于我国对于药物的质检工作有着严格的把关，因此对于人才的培养问题尤为重视。对于课程的安排也是刻板严谨的，所以学生在学习本专业期时可能会产生一定的不良心理情绪。

就业方向较窄 ：制药工程专业的毕业生主要就业方向包括制药厂工人、药品贸易公司医药代表、县级及以下医院药房工作人员等，这些岗位相对较为局限。

工作环境艰苦 ：制药行业的工作环境一般，需要经常做实验，接触各种实验试剂。这些试剂可能对身体有一定影响，尤其是对女生来说，可能会面临一些健康方面的挑战。

性别歧视 ：在某些情况下，制药行业可能存在性别歧视现象，女生在就业过程中可能会遇到一些不公平的待遇或限制。

回报周期长 ：比本科专业毕业时间晚，且升职加薪主要看学历，行业对专业素养要求较高，需要不断学习新知识才能保持竞争力。

就业面太窄 ：很多本科毕业生只能去做医药代表，从事销售方面的工作。该岗位行业门槛比较低，所以就业有困难。

综合以上几点，制药专业的就业市场虽然需求大且行业稳定，但同时也存在一些挑战和限制。学生在选择这个专业时，需要充分考虑这些因素，并做好相应的职业规划。