选择全职二级建造师的专业时，可以考虑以下几个因素：市场需求、工资待遇、考试难度以及个人专业背景和兴趣。以下是各个专业的详细分析：

建筑工程

市场需求：最大，是大部分建工人考证的优先选择。

工资待遇：较为平稳。

考试难度：相对较低。

适合人群：适合刚毕业两三年、工作较忙的人，以及希望从事项目众多、市场需求量高的岗位，如施工管理、监理、招投标等。

机电工程

市场需求：需求较多，技术含量高，待遇好。

工资待遇：与市政专业相当。

考试难度：较高，专业性强。

适合人群：适合学机电类、机械类、自动化等专业的考生，以及希望从事机电一体化产品开发、制造、设备运行维护和管理等工作的人员。

市政工程

市场需求：需求量仅次于建筑专业，行情较好。

工资待遇：普遍比建筑专业要好。

考试难度：较建筑专业高，知识点细碎。

适合人群：适合希望从事市政工程相关施工与管理岗位的人员，如下水道、供水管道、电力管道、城市道路施工等。

公路工程

市场需求：需求量大，尤其是乡镇和农村道路建设。

工资待遇：较好。

考试难度：较高，专业知识较为专业。

适合人群：适合希望从事公路建设相关工作的技术人员。

水利水电工程

市场需求：需求缺口大，就业前景乐观。

工资待遇：较高。

考试难度：最高。

适合人群：适合有相关专业背景或较强理论基础的人员。

矿业工程

市场需求：需求较少，但专业性强。

工资待遇：较低。

考试难度：最高。

适合人群：适合有丰富实践经验的专业人员。

综合建议：

建筑工程：适合刚入行或希望从事项目管理、监理等岗位的人员。

机电工程：适合学相关专业的考生，希望从事技术含量高的工作。

市政工程：适合希望在城市内从事基础设施施工与管理的人员。

公路工程：适合希望从事乡镇和农村道路建设的人员。

水利水电工程：适合有相关专业背景或较强理论基础的人员。

矿业工程：适合有丰富实践经验的专业人员。

根据以上分析，选择哪个专业还需结合个人的实际情况和职业规划。如果刚毕业且希望尽快进入建筑行业，建筑工程可能是最佳选择。如果希望从事技术含量高、待遇好的工作，机电工程或市政工程也是不错的选择。