选择考研院校时，如果遇到学校整体实力强但专业实力相对较弱的情况，可以考虑以下几点：

学校名气与专业实力的权衡

如果更看重学校的名气和社会认可度，可以优先考虑那些综合排名较高但专业排名相对较低的学校。例如，西北大学、东北财经大学、江西财经大学等，这些学校在某些非王牌专业上可能具有较好的教学和科研实力。

专业特色与个人兴趣

考虑个人兴趣和职业规划，选择那些虽然学校整体实力强，但专业排名较低但符合个人兴趣和职业发展的专业。例如，江南大学的机械工程专业虽然在学校中相对较弱，但其在江苏无锡的地理位置和实际应用需求可能使其成为一个有吸引力的选择。

调剂与录取机会

一些学校可能会接收其他好专业的落榜生调剂到一般专业。如果对某个学校的某个专业特别感兴趣，但该专业排名较低，可以关注该学校的调剂信息，增加录取机会。

地理位置与就业优势

考虑学校的地理位置和就业优势。有些学校虽然专业排名不高，但位于经济发达地区或行业需求大的城市，可能带来更好的就业机会。例如，海南热带海洋学院的微电子科学与工程专业，虽然学校整体实力一般，但位于海南省三亚市，地理位置独特，专业需求大。

学术发展与出国机会

如果未来有出国深造或从事学术研究的打算，可以关注那些在特定专业领域有较强实力的学校，即使这些学校的综合排名不是特别靠前。例如，某些非985、211的高校在某些专业领域可能拥有优秀的导师和研究资源。

综上所述，选择考研院校时，如果学校整体实力强但专业实力相对较弱，可以通过权衡学校名气、专业特色、调剂机会、地理位置和就业优势以及学术发展与出国机会等方面，做出最适合自己的选择。