飞机指挥员主要学习的专业包括：

空中交通管制专业：

培养空中交通管制员（ATC），负责管理和指导飞机在空中、地面和水面交通，确保航班的安全和效率，防止空中碰撞，并处理紧急情况。

机务场务技术与管理专业：

培养具备民航运输、机场和FBO运行等基础理论知识，接受航班保障、客货运输及空地勤服务、机坪日常维护和运行管理、应急救援等方面的实践锻炼，能在机场、航空公司、FBO等单位从事运行服务的技术技能型复合人才。

航空指挥专业：

属于军事类专业，主要培养能够适应空天作战需要的飞行军官，毕业生通常系统掌握军事航空的基础理论和基本技能，具备飞行军官的基本素质，并可能获得工学或军事学学士学位。

机械工程（航空检测技术与指挥）：

学习飞机的机械原理、组成、构造和使用维护技术。

机械电子工程（防空导弹保障技术与指挥）：

学习军用机电装备的组成、性能、工作原理。

电气工程及其自动化（航空特设、计量技术与指挥）：

学习飞机供配电、机电控制、航空仪表、惯性导航，以及飞行控制系统的性能、结构、工作原理、检测方法和维护技术。

航空机务技术与指挥专业：

学习直升机、无人机、航空仪表、电气与控制系统等专业使用、维护、监造和管理工作的指挥与技术知识。

飞行技术、作战指挥：

培养适应低空、超低空作战需要的航空飞行与指挥人才，系统掌握军事航空基础理论和基本技能。

飞行器设计与工程：

培养从事直升机航空工程机械维修管理的指技合一人才。

无人系统工程：

培养从事无人机作战运用与技术管理的指技合一人才。

武器系统与工程：

虽然不直接涉及飞机指挥，但作为军事领域的重要专业，也与航空装备相关。

根据个人职业目标和工作环境的不同，可以选择以上专业进行深入学习。空中交通管制专业和机务场务技术与管理专业是较为常见的选择，而航空指挥专业则更适合希望进入军事领域的学生。