根据最新的排名信息，全国大学自动化专业排在前五的院校如下：

清华大学

在软科2024年专业院校排名中位居榜首，评分为71.7。

拥有顶尖的师资队伍、科研设施与创新平台，在控制理论与控制工程等多个领域成果卓越。

浙江大学

软科评分为66.6。

控制科学与工程学院实力出众，在自动化相关的前沿技术研究和应用方面表现突出，课程体系完善，注重培养学生的创新实践能力。

北京航空航天大学

软科评分为64.5。

作为航空航天领域的强校，自动化专业与航空航天等高端制造业深度融合，在飞行控制、导航与制导等方向特色鲜明。

上海交通大学

软科评分为64.5。

学校综合实力雄厚，自动化专业在智能控制、机器人技术等方面处于国内领先水平，与众多企业和科研机构合作紧密，为学生提供丰富的实践机会。

北京理工大学

在软科2024年专业院校排名中位列第五。

此外，还有一些既不是985也不是211但排名还算靠前的院校，如广东工业大学（28名）、杭州电子科技大学（31名）、浙江工业大学（35名）。

建议

清华大学和 浙江大学在自动化专业方面实力强劲，拥有顶尖的师资队伍和科研设施，适合追求顶尖学术和研究能力的同学。

北京航空航天大学和 上海交通大学在航空航天领域和智能控制、机器人技术等方面具有明显优势，适合对这些方向感兴趣的同学。

北京理工大学和 广东工业大学等虽然不是985或211，但排名靠前，也值得考虑，特别是对于分数要求相对较低的同学。

希望这些信息对你有所帮助!