日本长崎大学设有多个学部，提供多样化的专业课程。以下是部分专业设置的信息：

学部

教育学部：包括国语科、社会科、数学科、理科、音乐科、美术科、保健体育科、工业技术科、家庭学科、英语科、教育学、教育心理学等。

经济学部：包含经济学科、经营学科、贸易学科、公共学科等。

医学部：只有医学科。

齿学部：只有齿学科。

药学部：包括药学科、制药化学科。

工学部：专业齐全，有机械工程学科、电气工程学科、电子工程学科、结构工程学科、土木工程学科、材料工程学科、工业化学科等。

环境科学部：相关专业课程。

水产学部：包括水产学科和教养部。

研究科

教育学研究科：教职实践专业（专业学位课程）、教科实践专业（修士课程）。

经济学研究科：经济学科、地域政策学科、流通经营学科、产业经济开发专攻（硕士课程）。

工学研究科：综合工学专业（博士前期课程）、生产系统工程专业（博士后期课程）、绿色系统创建科学专业（5年一贯博士课程）。

水产·环境科学综合研究科：水产学专业（博士前期课程）、环境保全设计专业（博士前期课程）、环境共生政策学专攻（博士前期课程）、海洋环境资源学专攻（博士后期课程）、海洋场生命科学专业（5年一贯博士课程）。

医齿药学综合研究科：修士课程，热带医学专业、保健学专业、生命科学专业。

这些专业涵盖了广泛的学术领域，为学生提供了丰富的选择，以满足不同的学术和职业目标。