哈尔滨工程大学最好的六个专业如下：

船舶与海洋工程：

该专业是国家级特色专业和国防重点专业，主干学科船舶与海洋工程为国家重点学科。毕业生近三年升学率均超过50%，就业率始终保持在96%以上。

核工程与核技术：

该专业是全国高校特色专业和国防特色重点专业，在核工程类专业中第一个通过工程教育认证。毕业生在核工业、核医学等领域具有广泛的就业前景。

计算机科学与技术：

该专业属于国家级特色学科，应用范围广泛，毕业生就业率高。

自动化：

该专业应用范围广泛，从传统的工业控制到新兴的机器人技术，毕业生可以在各种制造业和自动化设备公司找到工作。

电子信息工程：

该专业以IC设计与制造为核心，培养学生电路、模拟电子技术、数字电子技术等知识，就业前景广阔。

机械设计制造及其自动化：

该专业是省级特色专业，学生将学习机械设计制造、数控加工技术等相关技能，就业前景较好。

建议：

船舶与海洋工程和 核工程与核技术是哈工程的王牌专业，具有很高的就业竞争力，适合对海洋工程和核技术感兴趣的学生。

计算机科学与技术和 自动化专业应用广泛，适合希望从事信息技术和自动化领域的学生。

电子信息工程和 机械设计制造及其自动化专业就业前景较好，适合对电子技术和机械制造感兴趣的学生。