选择农业工程专业时，可以考虑以下几个方面：

兴趣和职业规划

农业机械与自动化：如果你对农业机械的设计、制造和自动化技术感兴趣，这个专业方向可能更适合你。随着农业现代化的推进，该领域的需求不断增长，具有较好的就业前景。

农业水利工程：如果你对农田水利工程的规划、设计和管理感兴趣，这个专业方向将发挥重要作用。在水资源管理和农田灌溉方面有着重要的应用，对于提高农田水利设施的效率和农业生产的可持续发展具有重要意义。

农业环境与能源工程：如果你关注农业生产中环境保护和能源利用的技术与方法，这个专业方向具有广阔的发展前景。随着环境问题和能源紧缺的日益突出，该领域有着重要的社会需求。

学科实力和就业前景

在选择学校时，可以考虑农业工程专业实力较为突出的院校，如985、211高校以及一些双非院校。这些学校的农业工程专业通常具有较高的教学水平和研究实力，能够提供更广阔的发展平台。

具体到专业，农业机械化及其自动化专业是教育部高等学校特色专业，且在多个评估中表现优异。该专业主要研究农学、机械学、自动化技术及经营管理学等方面的基本知识和技能，就业前景较好。

课程设置

了解不同专业的课程设置，选择与自己兴趣和职业规划最为匹配的专业。例如，农业机械化及其自动化专业开设的课程包括《农牧业生产基础》、《工程材料基础》、《农业机械与设备》等，这些课程将为你提供必要的专业知识和技能。

实践机会

选择有丰富实践机会的学校和专业，这将有助于你在学习过程中积累实际经验，更好地适应未来的工作环境。一些高校设有国家级实验教学示范中心和实践基地，能够提供良好的实践条件。

综上所述，选择农业工程专业时，建议综合考虑自己的兴趣、职业规划、学科实力、就业前景以及课程设置和实践机会等因素，做出最适合自己的选择。