选择日本电子商务专业时，可以从以下几个方面进行考虑：

学校实力与排名

国公立大学中，七帝大（东京大学）、一桥大学、神户大学、首都大学、大阪市立大学等是热门选择，因为这些学校的实力较强，对未来的就职有利。

私立大学中，早庆上（早稻田大学）、MARCH（明治大学、立命馆大学、法政大学、东京市立大学）、关关同立（关西大学、同志社大学、立命馆大学）等也是留学生报考的热门学校。

专业方向与课程

电子商务专业在日本基本上以考文科大学院为主。如果英语水平较好，可以考虑新闻传媒或经营学，这两个专业与电子商务相近。

如果英语水平一般，可以选择社会文化或国际政治等文科专业，这些专业对英语成绩要求不高，能考的学校较多。

电子商务专业在不同高校里有不同的划分，有的属于经济管理系，有的属于计算机系。课程内容涵盖计算机科学、市场营销、管理学、经济学、法学和现代物流等。

就业方向与发展前景

电子商务专业的就业方向包括网站设计与程序、网络营销编辑、网络产品规划、企业信息化、个人网络创业、银行卡研发、SEO优化和网店运营等。

也可以选择与电子商务相关的交叉学科，如互联网自动化、网络商务学等，这些专业培养的是网络商务的高级人才，就业方向包括程序开发、电子商务、网络维护、数据库管理等。

个人兴趣与职业规划

根据自己的兴趣选择专业，如果对计算机技术和网络技术感兴趣，可以选择计算机科学与技术的相关课程。

如果对商务活动和市场分析感兴趣，可以选择经营学或商业相关的课程。

签证与留学政策

如果打算在日本从事电子商务相关工作，可以申请一年多次往返商务签证，但需要公司提供身元保证书、招聘理由书等相关文件。

综上所述，选择日本电子商务专业时，可以综合考虑学校实力、专业方向、就业前景、个人兴趣以及签证政策等因素。建议先了解各个学校和专业的具体情况，然后根据自己的实际情况做出选择。