选择日本读研的专业时，可以从以下几个方面进行综合考虑：

自身条件评估

学业成绩：GPA是衡量学习能力的重要指标。一般排名靠前的国公立大学要求GPA在3.0以上，顶尖大学如东京大学、京都大学等要求GPA3.5+。

语言能力：根据自己的日语和英语水平选择合适的学校和专业。如果日语N1水平且英语较好，可以冲刺顶尖大学；如果只有N2水平，可选择中等水平的学校或专业。

专业背景：如果是跨专业申请，难度会相对较大，需要提前了解目标专业的基础知识和研究方向，部分专业如医学、法学等对专业背景要求较为严格。

学校综合排名：虽然排名不能作为唯一标准，但在一定程度上能反映学校的整体实力和学术声誉。一般建议选择排名前20的学校中的2-3所作为拔高院校，2-3所适中院校以及2-3所保底院校。

专业实力

优势专业：不同学校有各自的优势专业。例如，东京大学、京都大学的全学科都很强，大阪大学的经济学、工学专业突出，东北大学的医学、材料学、经济学专业优势明显等。

研究方向匹配：选择与自己兴趣和职业规划相匹配的研究方向，尽量选择与自己的专业相关性高的教授和学校。

未来发展和研究方向

根据自己的兴趣和长期职业规划选择专业，选择一个适合的专业，并根据自己的专业去选择院校和教授，尽量选择与自己的专业相关性高的教授。

专业热门度

一些专业在日本留学中一直备受青睐，如经济学、动漫专业、环境工程专业、新闻传播学类专业、法律经济类、商学管理类、艺术设计类等。

跨专业考研

如果打算跨专业考研，需要根据自身的专业背景来选择合适的研究生专业。文科生可以跨专业申请文学、教育学、社会学、传媒学、国际关系、经济学等相对容易的专业。理科生如果本科专业与想考研的专业有一定的知识重合，也可以考虑跨专业。

课程设置和师资力量

在选择专业时，还需要关注所选专业的课程设置、师资力量、实践机会等方面的信息，以便做出更加明智的决策。

综合以上因素，建议在选择日本读研的专业时，先进行自我评估，了解自己的兴趣、优势和职业规划，然后结合各学校的优势专业和课程设置，选择最适合自己的专业和学校。同时，也要注意跨专业考研的难度和可能面临的挑战，做好充分的准备和规划。