袁世凯在任期间，对中国高等教育做出了显著贡献，他参与或促成了以下大学的建立：

山东大学堂 （山东大学前身）：1901年由袁世凯在山东巡抚任上创立，是中国第二个官立大学堂，标志着晚清时期地方政府创办新式学校的开始。

保定陆军军官学校：

袁世凯在任直隶总督期间，在保定和天津创办了多所军事院校，其中保定陆军军官学校后来成为全国规模最大的正规军事院校之一。

东北大学：

成立于1923年，由奉系军阀张作霖筹办，是东北地区最高学府。

东南大学：

与袁世凯的孙子袁家骝（袁克文的儿子）有关联，东南大学建有吴健雄学院和纪念馆，吴健雄是知名物理学家，其妻子毕业于东南大学。

天津武备学堂：

袁世凯接替胡燏棻，在小站督练新建陆军，因其队伍训练营地在天津东南70里的一个铁路站，因此被称为小站练兵，而其授课的地方就是武备学堂。

南苑航空学校：

1913年9月，袁世凯任命秦国镛为第一任校长，成立了南苑航校，这是中国最早的航空学校之一。

北洋女子师范学堂：

1902年，袁世凯在天津建立了中国最早的女子大学——北洋女子师范学堂。

北洋法政专门学堂：

位于天津新开河畔，是中国第一所政法学校。

北洋工艺学堂：

后改名为直隶高等工业学堂。

这些学校的建立，不仅推动了中国的教育现代化，也为中国的军事和工业发展培养了大量人才。袁世凯在这些学校中的贡献，使他在中国近代教育史上占有重要地位。