东南大学校内主要有以下几个校区和设施：

四牌楼校区

位于南京市中心宣武区四牌楼二号，占地面积约641亩，各类建筑61.85万平方米。

是研究生教育、本科教育、继续教育（医学学科除外）和科学技术研究的基地。

校内有多个历史建筑，如原中央大学南大门、大礼堂、孟芳图书馆、梅庵、体育馆等民国建筑。

九龙湖校区

位于江宁经济技术开发区南侧，总面积3752.35亩，总建筑面积约78.97万平方米。

是东南大学的主教学区，配有四个食堂，包括KFC、必胜客、汉堡王等。

设施包括独立的宿舍（四人间，带独立卫浴、24小时热水、上床下桌、独立衣柜、空调、热水器等）。

体育设施包括两个巨大的室内场馆（篮球、羽毛球、排球场）和四十余个室外篮球场、3个足球场及田径场。

丁家桥校区

位于鼓楼区丁家桥，占地面积176亩，已建成各类建筑26万平方米。

是医学教育研究基地，也是东南大学附属仲达医院所在地。

无锡分校和苏州校区

东南大学还设有无锡分校和苏州校区。

此外，东南大学还有丰富的学科设置和实验室，涵盖哲学、经济学、法学、教育学、文学、理学、工学、医学、管理学、艺术学等多个学科。学校拥有41个一级学科博士点、52个一级学科硕士点，12个学科入选国家“双一流”建设学科名单，14个学科进入ESI世界前百分之一。