学校创办于1951年10月，原校址在重庆北碚沙坝，校名为西南工业部采煤专业学校，隶属西南煤管局领导。

1952年，正式招生，初期规模600人，设高采班、中采班、会计统计班。

1954年1月，学校由天府沙坝迁至重庆沙坪坝区上桥，更名为燃料工业部重庆煤矿学校。

1957年7月，更名为重庆煤矿学校，改由四川煤管局领导。

1966年至1971年，因“文化大革命”停止招生。

1972年恢复办学，在煤矿职工和下乡、回乡知识青中年推荐招收学生。

1977年，按国家计划统一招收参加高考的高中毕业生。

1982年5月，实行部与省双重领导，以部为主的管理体制。

1984年5月起用重庆煤炭工业学校。

1997年3月，更名为重庆工程技术学校，同年8月其主管部门由四川煤管局划转重庆煤管局管理。

1998年，经重庆市人民政府批准，试办初中后五年制高等职业技术教育班。

1998年8月，煤炭部撤消，学校由重庆煤管局主管。

2001年3月，经重庆市人民政府批准，国家教育部备案，学校升格为职业技术学院并更名为重庆工程职业技术学院，直属重庆市煤炭工业局，开始招收高中后三年制高职。

2004年，被教育部、建设部确认为国家建设类技能型紧缺人才培养试点高校。 2004年12月9日，学校由重庆市煤炭工业局划转重庆市教育委员会管理。

2005年，学校通过教育部高职高专人才培养工作水平评估，荣获优秀等级。

2010年，通过教育部、财政部验收，学校被批准为国家示范性高等职业院校。

2014年，学校整体由沙坪坝区上桥校区、巴南区走马校区搬迁至江津区滨江新城新校区。

2018年2月，与重庆师范大学、 重庆科技学院联合开办“3+2专本贯通分段培养”本科专业5个。

2019年7月，被教育部认定为国家优质专科高等职业院校。 2019年12月，被教育部、财政部列入第三类高水平专业群建设单位（B档）。 2020年7月，学校获批与 重庆文理学院联合培养 机械电子工程专业两年制“专升本”本科学生。