从综合实力来说，南京大学要好得多。

但是如果偏向经济或是理科一类的专业，比如说金融、国贸、生物、化学等专业，厦大在全国的排名都很靠前。如果是要读工科的话，比如建筑、机械、电子一类的，应该选择南大或者其他的偏工科类的大学。

1. 南京大学，简称南大，是一所源远流长的高等学府。追溯学脉古为源自孙吴永安元年的南京太学，近代校史肇始于1902年筹办的三江师范学堂，历经多次变迁，1949年“国立中央大学”易名“国立南京大学”，翌年径称“南京大学”，沿用至今。

2. 南京大学是教育部与江苏省共建的全国重点大学，国家首批“211工程”、“985工程”高校，首批“珠峰计划”、“111计划”、“2011计划”、“卓越计划”实施高校，也是九校联盟、世界大学联盟、环太平洋大学联盟、21世纪学术联盟的重要成员和东亚研究型大学协会高校。

3. 截至2014年底，南京大学有鼓楼、浦口、仙林三个校区，28个直属院系，各类学生总计31304人。全校设本科专业86个，硕士学位授权一级学科18个，博士学位授权一级学科40个，博士后流动站38个，国家级人才培养基地13个；有一级学科国家重点学科8个，二级学科国家重点学科13个，国家重点（培育）学科6个；有国家实验室（筹）1个，国家重点实验室7个，教育部重点实验室8个，国家工程技术研究中心1个，国家级“2011协同创新中心”2个，教育部人文社会科学重点研究基地4个。南京大学是哈佛大学白碧德主义影响下的中国“学衡派”的雅集地，被誉为“中国科学社的大本营和科学发展的主要基地”，被杨振宁称赞为“中国最顶尖的大学”。