南京医科大学和南京医科大学康达学院有地理位置不同，建校方不同，专业门类不同，师资力量不同的区别：

1、地理位置不同：南京医科大学康达学院位于江苏省连云港市，在中国首批14个沿海开放城市之一、新亚欧大陆桥东方桥头堡——江苏省连云港市风景名胜区花果山脚下。

南京医科大学（Nanjing Medical University），简称南医大，学校位于中国历史文化名城、六朝古都南京市。

2、建校方不同：南京医科大学康达学院是1999年由南京医科大学、江苏康达实业开发总公司创办的公有民办二级学院。

2011年，南京医科大学与连云港市人民政府合作将南京医科大学康达学院迁至连云港市。南京医科大学由中华人民共和国教育部、中华人民共和国国家卫生和计划生育委员会、江苏省人民政府三方共建3、专业门类不同：截至2018年04月，南京医科大学康达学院设有临床医学、预防医学、康复治疗学、医学影像技术、医学检验技术、药学、药物制剂、生物医学工程、医学信息工程、眼视光学、护理学、公共事业管理、英语等13个专业19个方向 。截止2017年3月，南京医科大学设有22个学院（部）和1个独立学院——康达学院，共有涵盖医学、理学、工学、管理学、文学等5个学科门类的本科专业24个 、2个六年制双学位专业和5个七年制专业（方向）。

4、师资力量不同：截至2018年04月，康达学院现有教职工近300人，具有博士、硕士学位的教师占93.3%。 青年教师中已有5人获聘为南京医科大学副教授职称，18人获聘为中级职称。学院还聘请南京医科大学的医学基础及临床教师教学，其中教授占46.8%、副教授占32.5%、曾出国进修的教师占35.7%。截止2015年9月，南京医科大学学在职教职工1600多人，其中学校编制专任教师784人。有教授169人、副教授229人，有博士生导师422人、硕士生导师1746人（含附属医院）。